Єпископ Йоахим Пшебендовський народився наприкінці травня - на початку червня 1675 року у шляхетській родині, що походила з Прусії та сповідувала кальвінізм, в Янішеві на півночі Польщі поблизу Гданська та був охрещения 5 червня. Після переходу в католицизм (під впливом одного із родичів) навчався в єзуїтській колегії в Старих Шкотах під Гданськом, а потім студіював за кордоном (зокрема, 1702 року - в Парижі). Повернувшись до Польщі, вступив до Духовної семінарії місіонерів-лазаристів у Хелмні та вже 1706 року, ще до духовних свячень став вісьлицьким кустошем. 18 вересня 1707 року прийняв нижче свячення, 25 травня 1709 року був рукоположений в диякони, а 21 січня 1710 року став пресвітером.

Скоро після рукоположення в священники став почесним каноніком Влоцлавської катедри та настоятелем в Пйотравіні (поблизу Любліна), а в травні 1713 року - каноніком катедри в Кракові на Вавелі. Відомо також, що, принаймні, 1714 року був на студіях у Римі.

У квітні 1715 року король Август ІІ запропонував о. Пшебендовського на посаду єпископа-ординарія Луцького, яка залишалась вакантною після смерті 28 грудня 1714 року єпископа Олександра Виговського, проте лише 5 травня 1716 року ця номінація була підтверджена Святішим Отцем Климентієм ХІ. Відсутня інформація щодо висвячення о. Пшебендовського на єпископа, яке, швидше за все, відбулось цього ж року на теренах Польщі. П'ятирічне урядування в дієцезії здійснював, переважно, зусиллями свого єпископа-помічника Адама Ростковського, а сам, як правило, перебував за межами своєї єпархії, беручи активну участь у політичному житті країни. Відомо лише, що 1720 року провів дієцезіальний синод.

Помер у віці 46 років 21 травня 1721 року у Сєвках біля Янова Підляського (садибі луцьких єпископів, що нині знаходиться на території Польщі) та був похований, як і деякі інші луцькі єпископи, у янівському костелі Пресвятої Трійці.