Єпископ Стефан Рупневський народився 1671 року в Бідзінах на Сандомирщині (Польща) в шляхетській родині гербу Шренява, що сповідувала кальвінізм. Після смерті батька його виховував родич Стефан Бідзінський, який навернув його до католицизму та післав на навчання до єзуїтської колегії (ймовірно, у Сандомирі). 24 травня 1695 року прийняв нижче свячення. Цього ж року поступив до Краківської академії, де 30 вересня 1697 року здобув науковий ступінь доктора теології (трохи раніше, 8 вересня був висвячений на диякона). У Кракові 2 лютого 1698 року отримав рукоположення в священники з рук іншого свого родича - єпископа Станіслава Шембека.

2 липня 1698 року став архідияконом колегіатського капітулу у Варшаві, 16 травня наступного року - каноніком Краківської катедри, 1703 року - настоятелем парафії у рідних Бідзінах та Госьліцях. У 1711 році отримав посаду судді в Краківській дієцезії та схолатуру у Станіславівській (Івано-Франківській) колегіаті, де 1713 року став прелатом-деканом.

У 1713 році, після переведення у січні єпископа-помічника Львівського Яна Скарбка на посаду архієпископа-митрополита був запропонований королем на вакантну посаду єпископа-помічника у Львові, що і підтвердив Святіший Отець Климентій ХІ 22 травня, призначивши його також титулярним єпископом Lycopolis. 9 липня в Кракові місцевий єпископ-ординарій Казимир Лубенський висвятив його на єпископа за участю співконсекраторів єпископа Баківського Яна Лубенського та місцевого єпископа-помічника Міхала Шембека.

Але служіння нового єпископа у Львові протривало недовго, бо вже 23 грудня 1716 року Апостольська Столиця підтримала короля, який номінував його єпископом-ординарієм у Кам'янці(-Подільському). П'ятирічне архіпастирське служіння тут нового ординарія припало на час відродження Католицької Церкви після 27-річної окупації Поділля Туреччиною. Вже наступного, 1717 року провів генеральну візитацію дієцезії. Здійснив своїм коштом реставрацію катедри, яку турки замінили на мечеть, а також збудував резиденцію єпископа та катедральний парафіяльний будинок. Заснував Духовну семінарію, хоча почала вона працювати лише 1730 року; ініціював спорудження нових костелів та відбудову старих, створив 11 парафій та поділив єпархію на 4 деканати, сприяв утворенню нових монастирів. Запам'ятався, як сумлінний та здібний архіпастир.

1 грудня 1721 року за поданням короля Папа Римський Інокентій ХІІІ призначив владику Рупневського єпископом-ординарієм Луцьким. 31 травня цього ж року відбувся його інгрес до Луцької катедри Пресвятої Трійці, яку 1724 року відбудував після пожежі та освятив 23 жовтня 1726 року. Зокрема також, завершив будівництво колегіати в Янові Підляському (нині належить Польщі), а 1726 року провів там дієцезіальний синод. Поділив єпархію на дві частини - луцьку та брестську. І взагалі, його архіпастирське служіння на Волині та Поліссі теж було відзначене багатьма чеснотами. Мав намір скласти урядування та вступити до ордену єзуїтів, проте з цим не погодились у Римі. Втім, під час важкої хворобі наприкінці життя склав таки вічні обітниці та заповів похоронити себе в єзуїтському костелі свв. Ап. Петра і Павла у Кракові. Що і відбулось після його смерті, яка наступила 21 квітня 1731 року у Торчині.